自分勝手でわがままな、自称悪の天才科学者。IQ300と非常に優れた科学者ではあるが、人の迷惑をかえりみず世界をエッグマンランドにしてしまおうともくろんでいる。
マスターエメラルドを巡る攻防戦に敗れたエッグマン。 打倒ソニックの悲願を果たすべく、さらにパワーアップしたメカでソニックに挑む。