『エピソードI』での激闘はほんの序章でしかなかった……
迷宮ロストラビリンスでDr.エッグマンは何を探していたのか？
地下工場マッドギアが作られた真の目的とは？
これらはすべてDr.エッグマンが企む、壮大な計画のパズルピースに過ぎなかった。
『ソニック・ザ・ヘッジホッグCD』の舞台となった 「リトルプラネット」が再びソニックたちの 住む惑星に接近しようとする中、 ついにDr.エッグマンが描く、計画の全貌が明らかとなる！