謎のバケモノによる、世界の時空異常の影で……
かつて地球侵略を目論みシャドウに打ち倒された、
邪悪な超生命体「ブラックドゥーム」が
再び動き出していた。
不穏な予兆に記憶を揺さぶられたシャドウは、
真実を追い求め、因縁の地である
宇宙コロニー「アーク」へと旅立つ。
その行く手に、
いかなる闇が待ち受けているのかも知らずに……
仲間たちが用意してくれた、
ゴキゲンなバースデーパーティー！
……のはずが、突然現れた謎のバケモノによって、
仲間たちは次々と不思議な渦に巻き込まれてしまった！
気がつくと、目の前に広がるのは真っ白な世界……
時空が滅茶苦茶になった世界を復活させ、
時の歪みに囚われた仲間を助けるため、
立ち上がるのは2人の青いハリネズミ。
本来交わるはずのない、
クラシックソニックとモダンソニックが出会うとき、
時空を超えた音速の力が走り出す！
