誰からも忘れられた島、スターフォール諸島。
ソニック、エミー、テイルスの3人は、
カオスエメラルドの反応を追って、
このスターフォール諸島に向かっていた。

島の上空にさしかかったその時、
突然トルネード号にトラブルが発生！
空に開いた時空の穴に吸い込まれ、
ソニックは仲間たちとはぐれてしまう。

気が付くとソニックは
不思議な空間に放り出されていた。
見覚えのある景色だが、
どこか違うデジタルの世界...。
そこは「電脳空間」だった。
「電脳空間」からなんとか脱出したソニックは、
スターフォール諸島の島のひとつ、
古代人の謎にみちた遺跡と、
不気味な敵が徘徊する「クロノス島」で目を覚ます。

どこからか語り掛けてくる謎の声に導かれ、
仲間達を探し走りだすソニック。
この島には何が眠っているのか？
行く手を阻む謎の少女：セージの目的とは？