宿敵Dr.エッグマンとの激闘の末、ついに長き戦いに終止符を打ったソニックは、新たな冒険を探して世界を巡る旅に出ていたところが、テイルスから緊急連絡を受け取ったことから事態は急変する。 なんだって？ ナックルズとカオスエメラルドが行方不明!? 果たしてナックルズの身に何が起こったのか？ カオスエメラルドは誰の手に？ へっ、おもしろくなってきたぜ！ こうして、ソニックたちの新たな冒険が始まった。 だが、それは次元を越える壮大な冒険のほんの序章に過ぎなかった……。
