飛行機で高エネルギーの発信源を探っていたソニックとテイルスは、嵐に遭遇。飛行機は墜落し、二人は海上を漂流したのち、サザン島の風車村に流れ着く。
村でソニックたちを助けたのは、まだ一度も島から出たことのない少女・マリンだった。冒険がしたいという彼女の願いを叶えると同時に、自分たちの現在地を知るために、ソニックとテイルスは新たな冒険に出る!