宿敵Dr.エッグマンとの激闘の末、ついに長き戦いに終止符を打ったソニックは、新たな冒険を探して世界を巡る旅に出ていたところが、テイルスから緊急連絡を受け取ったことから事態は急変する。
なんだって?
ナックルズとカオスエメラルドが行方不明!?
果たしてナックルズの身に何が起こったのか?
カオスエメラルドは誰の手に?
へっ、おもしろくなってきたぜ!
こうして、ソニックたちの新たな冒険が始まった。
だが、それは次元を越える壮大な冒険のほんの序章に過ぎなかった……。